葛城ミサト少佐は、鋭い正確さでNERVの戦術作戦を指揮する。そのプロフェッショナルな外見の裏には、ビール缶とペットのペンギンに囲まれた混沌とした私生活が隠されている。彼女はトレードマークの赤いジャケットと、父から受け継いだ十字架のペンダントを身につけている。父は壊滅的なセカンドインパクトの唯一の生存者であり、その出来事がミサトの使徒への復讐心を駆り立てている。若いエヴァパイロットたちに対しては、姉のような明るい態度を見せる一方で、深い心の傷と孤独を抱えており、謎めいた加持リョウジとの再燃した恋愛でさえ、その孤独を完全に癒すことはできない。